Det politiske system som ble etablert i 1536-37 varte i hovedtrekkene fram til innføringen av eneveldet i 1660. Historikerne har vært sterkt uenige om i hvilken grad norgesparagrafen ble virkeliggjort. På den ene ytterfløyen har noen av de konservative 1800-talls-historikerne (særlig Michael Birkeland) hevdet at denne bestemmelsen ikke gjorde noen forskjell – samfunnsforholdene forble slik de hadde vært. På den andre ytterfløyen er det blitt hevdet at Norge ble fullstendig politisk utradert, slik særlig Halvdan Koht har hevdet.[26]
Situasjonen var tvetydig: På den ene siden var staten i sin overbygning rent dansk. På den andre siden kom forskjellene mellom det danske og det norske til å bli langt større enn omveltningen i 1536-37 syntes å innebære, og maktforholdene når det gjaldt Norge fikk dermed sitt eget preg, som det ikke er lett å få tak på. Tvetydigheten kom til uttrykk ved at norgesparagrafen i Kristian 3.s danske håndfestning lå til grunn for Norges underordning under Danmark, samtidig som den aldri ble kunngjort, og den konstitusjonelle praksis desavuerte dens utsagn om at Norge heretter skulle være en landsdel i det danske riket. I stedet ble Norge definert som et rike underlagt det danske riket, dets riksråd valgte konge for Norge idet det valgte dansk konge – den norske kronen var underlagt den danske.[27] Men alle det norske rikets og den norske kronens symbolske attributter ble ført videre etter 1536, både utad i forhold til andre fyrster og innad, slik at man overfor det norske folket stadig gav uttrykk for at det i Norge dreide seg om det norske riket, den norske kronen og alle de rettigheter som var knyttet til dem. Det norske riksvåpenet ble flittig brukt (bl.a. i mynter), og i sin titulatur signaliserte ikke kongen noen underordning av Norge under Danmark, han ble omtalt med sin kongetittel, der Danmark ble nevnt først, og så Norge (konge av Dk. og N) som det andre tilsynelatende likestilte ledd når det gjaldt hans kongelige rang.
Kongehusets holdning til Norge var omtrent like tvetydig som dette gir inntrykk av. På den ene siden var Kristian 3. aktivt med på norgesparagrafen, dels av langsiktige grunner for å sikre Norge varig for kongehuset, dels av grunner som hang sammen med at kampen om Norge ikke var avgjort før Olav Engelbrektssons motstandskamp var nedkjempet – det skjedde våren 1537. Den 30. april 1537 skrev Kristian 3. at han heller ville ha et øde land enn et ulydig land.[28] På den andre siden hadde kongehuset alltid hevdet at Norge var et arverike som oldenborgerne var berettiget til. Derfor gjorde det seg blant Kristian 3.s slektninger gjeldende sterke motforestillinger mot å gi opp arvekravet til fordel for det danske riksrådets valgrett. Ettersom noen av disse slektningene befant seg i andre fyrstehus, ble det også av utenrikspolitiske grunner nødvendig å behandle norgesparagrafen med forlegen taushet.[29] På 1600-tallet kom Kristian 3.s etterkommere på tronen selv til å hevde som sitt syn at Norge egentlig var et arverike, enda de før 1660 ikke kunne bestride at Danmark var et valgrike. Slik kom kongehusets pretensjoner til å oppgradere Norges status i forhold til bestemmelsen i 1536, mens dets pretensjoner før 1536 hadde nedgradert Norges status.
[26] Thowsen, Atle 1966, ”Historikernes syn på Norges statsrettslige stilling 1536-1814. Norgesartikkelen av 1536”, Norske historikere i utvalg ved Steinar Imsen, bd. 7:56-70.[]
27 ”Om konningens udvelgelse”, Kong Christian den fjerdes norske lovbog af 1604. Christiania 1855:22.[]
28 Diplomatarium Norvegicum, bd. 22, 2. halvbind, Oslo 1992:nr. 383.[]
29 Petersen, Erling Ladewig 1973, ”Norgesparagrafen i Christian IIIs håndfæstning 1536. Studier over det 16. århundredes fortolkning”, (Dansk) Historisk Tidsskrift:393-464.